Cách hạch toán thuế giá trị gia tăng phải nộp theo Thông tư 99

Là nội dung quan trọng mà kế toán doanh nghiệp cần nắm vững khi áp dụng chế độ kế toán mới từ năm 2026. Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, thuế GTGT phải nộp được phản ánh chủ yếu trên Tài khoản 3331, trong đó tách rõ thuế GTGT đầu ra (TK 33311) và thuế GTGT hàng nhập khẩu (TK 33312). Việc hạch toán đúng thuế GTGT giúp doanh nghiệp theo dõi chính xác số thuế phải nộp, số thuế đã nộp, thuế GTGT được khấu trừ và số thuế còn phải nộp vào Ngân sách Nhà nước.

Trong thực tế, kế toán thuế GTGT cần căn cứ phương pháp tính thuế GTGT (phương pháp khấu trừ hoặc trực tiếp) để ghi nhận doanh thu và thuế GTGT đầu ra cho phù hợp, đồng thời thực hiện bù trừ thuế GTGT đầu vào với thuế GTGT đầu ra theo đúng quy định. Ngoài ra, các trường hợp đặc thù như thuế GTGT hàng nhập khẩu, thuế GTGT được giảm hoặc thuế GTGT được hoàn cũng phải được hạch toán riêng, rõ ràng và nhất quán. Việc nắm vững Cách hạch toán thuế giá trị gia tăng phải nộp theo Thông tư 99 không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật kế toán – thuế mà còn hạn chế rủi ro sai sót khi kê khai và quyết toán thuế.

Tài khoản sử dụng

Tài khoản 3331 – Thuế giá trị gia tăng phải nộp được dùng để theo dõi toàn bộ nghĩa vụ thuế GTGT của doanh nghiệp đối với Nhà nước. Tài khoản này phản ánh thuế GTGT đầu ra phát sinh, thuế GTGT của hàng hóa nhập khẩu phải nộp, đồng thời thể hiện số thuế GTGT đã được khấu trừ, đã nộp và số thuế còn phải nộp vào Ngân sách Nhà nước tại từng thời điểm.

Tài khoản 3331 được chi tiết thành 02 tài khoản cấp 3, bao gồm:

• Tài khoản 33311 – Thuế GTGT đầu ra: Dùng để ghi nhận thuế GTGT đầu ra phát sinh trong kỳ, thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ, thuế GTGT của hàng bán bị trả lại, giảm giá, chiết khấu, cũng như số thuế GTGT phải nộp, đã nộp và còn phải nộp liên quan đến hàng hóa, sản phẩm và dịch vụ tiêu thụ trong kỳ.

• Tài khoản 33312 – Thuế GTGT hàng nhập khẩu: Dùng để phản ánh nghĩa vụ thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu, bao gồm số thuế phải nộp, đã nộp và chưa nộp vào Ngân sách Nhà nước.

Kết cấu của Tài khoản 3331 – Thuế GTGT phải nộp

Bên Nợ của TK 3331 phản ánh các khoản làm giảm nghĩa vụ thuế GTGT phải nộp, bao gồm:

• Thuế GTGT đầu vào đã được khấu trừ trong kỳ;

• Số thuế GTGT đã nộp vào Ngân sách Nhà nước;

• Khoản thuế GTGT được Nhà nước chấp thuận giảm trừ vào số thuế phải nộp;

• Thuế GTGT liên quan đến hàng hóa, dịch vụ bán ra bị trả lại, giảm giá hoặc áp dụng chiết khấu thương mại.

Bên Có của TK 3331 ghi nhận thuế GTGT đầu ra phát sinh và thuế GTGT của hàng hóa nhập khẩu phải nộp theo quy định.

Tại thời điểm kết thúc kỳ kế toán, nếu Tài khoản 3331 có số dư bên Có, số dư này phản ánh số thuế GTGT còn phải nộp vào Ngân sách Nhà nước.

Lưu ý: TK 3331 có thể phát sinh số dư bên Nợ. Trường hợp này cho thấy số thuế GTGT doanh nghiệp đã nộp lớn hơn số thuế GTGT thực tế phải nộp cho Nhà nước, thường phát sinh khi doanh nghiệp nộp thừa hoặc chờ xử lý bù trừ, hoàn thuế.

Các nghiệp vụ kế toán liên quan đến thuế GTGT phải nộp – TK 3331 theo Thông tư 99

1. Hạch toán thuế GTGT đầu ra (TK 33311)

a) Thuế GTGT đầu ra theo phương pháp khấu trừ

Khi doanh nghiệp lập hóa đơn GTGT để bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, doanh thu được ghi nhận theo giá chưa có thuế, đồng thời xác định riêng thuế GTGT đầu ra phải nộp ngay tại thời điểm xuất hóa đơn. Kế toán ghi nhận như sau:

• Ghi nhận số tiền khách hàng thanh toán:

• Ghi nhận doanh thu và thuế GTGT đầu ra:

b) Thuế GTGT đầu ra theo phương pháp trực tiếp

Căn cứ quy định thuế hiện hành, doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong hai cách hạch toán:

• Cách 1: Nếu xác định và tách riêng thuế GTGT ngay khi xuất hóa đơn thì thực hiện hạch toán tương tự phương pháp khấu trừ.

• Cách 2: Trường hợp doanh thu ghi nhận ban đầu đã bao gồm thuế GTGT, đến kỳ xác định số thuế phải nộp, kế toán thực hiện điều chỉnh giảm doanh thu tương ứng với số thuế GTGT phải nộp:

c) Khi thực hiện nghĩa vụ nộp thuế GTGT vào NSNN:

2. Hạch toán thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu (TK 33312)

a) Khi nhập khẩu vật tư, hàng hóa hoặc tài sản cố định

Doanh nghiệp ghi nhận giá trị hàng nhập khẩu chưa bao gồm thuế GTGT và nghĩa vụ thuế nhập khẩu phải nộp:

b) Ghi nhận thuế GTGT hàng nhập khẩu

• Nếu thuế GTGT nhập khẩu được khấu trừ:

• Nếu thuế GTGT nhập khẩu không được khấu trừ, phải tính vào nguyên giá:

c) Khi nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu:

d) Trường hợp nhập khẩu ủy thác (áp dụng cho bên giao ủy thác)

• Khi nhận thông báo nghĩa vụ thuế từ bên nhận ủy thác:

• Khi có chứng từ nộp thuế:

Bên nhận ủy thác chỉ theo dõi số tiền đã nộp hộ, không ghi nhận nghĩa vụ thuế:

3. Hạch toán thuế GTGT được khấu trừ

Cuối kỳ, kế toán thực hiện bù trừ giữa thuế GTGT đầu vào và thuế GTGT đầu ra:

Trường hợp xác định thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ, kế toán kết chuyển vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản:

4. Hạch toán thuế GTGT được giảm

Khi doanh nghiệp được Nhà nước chấp thuận giảm số thuế GTGT phải nộp, số thuế được giảm được ghi nhận là thu nhập khác:

5. Hạch toán thuế GTGT đầu vào được hoàn

Trường hợp đủ điều kiện hoàn thuế do thuế GTGT đầu vào lớn hơn thuế đầu ra, khi nhận tiền hoàn thuế:

Việc nắm vững Cách hạch toán thuế giá trị gia tăng phải nộp theo Thông tư 99 là yêu cầu bắt buộc đối với kế toán doanh nghiệp khi áp dụng chế độ kế toán mới từ năm 2026. Hạch toán đúng TK 3331, phân biệt rõ thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT hàng nhập khẩu và thuế GTGT được khấu trừ không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định pháp luật mà còn hạn chế rủi ro sai sót khi kê khai, quyết toán thuế. Trong thực tế, nhiều kế toán vẫn gặp lúng túng khi xử lý các tình huống phát sinh, do đó việc học kế toán thực hành bài bản là rất cần thiết để hiểu đúng bản chất nghiệp vụ. Bên cạnh đó, sử dụng dịch vụ rà soát sổ sách kế toán của Kế Toán Minh Việt sẽ giúp doanh nghiệp kịp thời phát hiện và điều chỉnh sai lệch về thuế GTGT, đảm bảo số liệu minh bạch, chính xác. Ngoài nội dung hạch toán thuế, kế toán cũng cần lưu ý đến các quy định liên quan như Hạn mức tối đa về giá trị hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại nhằm ghi nhận chi phí và thuế đúng quy định.

Các bài viết liên quan